V comme « Variant ∂ »

Faut-il s’inquiéter des variants indiens ou ∂ ? La réponse est OUI. Les variants dits « indiens » appelés maintenant sont désormais les plus préoccupants parce qu’ils associent une transmissibilité sans précédent et un certain degré de résistance à l’immunité acquise par la maladie antérieure ou la vaccination. Plusieurs variants ont émergé en Inde à partir d’octobre 2020. Appartenant au lignage B.1.617 (divisé en 3 sous-lignages B.1.617.1/2/3 et autrement désigné 20A/452R.V3), ils représentent maintenant la majorité des souches circulantes dans le Monde et la reprise épidémique est clairement liée à ces variants. Ils ont en commun les mutations D614G, L452R et P681R dans la protéine S, les 2 premières augmentant l’affinité du virus pour le récepteur des cellules hôtes, ACE2, et la 3^ème semblant faciliter la fusion entre le virus et la cellule hôte. Ces mutations expliquent ainsi la transmissibilité augmentée de ces variants. Des études récentes montrent que la charge virale en cas d’infection avec le variant ∂ est 100 à 1000 fois plus élevée que celle qui était observée avec les souches initiales : le R0 est passé de 2,5-3 à > 6 expliquant la brutalité de la reprise épidémique et la multiplication des situations d’hyper contamination. Les variants ∂ portent en outre la mutation E484Q, proche de la mutation E484K responsable de l’échappement immunitaire relatif des variants dits « sud-africain » et « brésilien ». Pour autant, plusieurs études disponibles montrent que l’impact de ces mutations sur le pouvoir neutralisant des anticorps générés par une ancienne infection ou par les vaccins ARN est moindre que ce qui est observé avec les variants dits « sud-africain » et « brésilien ». On pouvait donc espérer que l’impact des variants ∂ serait limité en termes d’échappement immunitaire. Ceci a été confirmé par une étude d’efficacité en vie réelle en Angleterre qui montre cependant que deux doses de vaccins sont nécessaires pour assurer une bonne protection (contre l’ensemble des formes symptomatiques (88% pour le vaccin Pfizer, 66% pour AstraZeneca). Cette activité en grande partie conservée des vaccins, explique que la majorité des cas surviennent chez des sujets non vaccinés, plus rarement chez ceux qui n’ont reçu qu’une seule dose. Aux USA ou le variant ∂ prédomine aussi, plus de 90 % des cas et des hospitalisations pour Covid-19 sont chez des non vaccinés, d’où l’expression de la directrice du CDC : « pandémie des non vaccinés ». Face à l’émergence de ce variant, la HAS recommande de privilégier la vaccination par les vaccins ARNm (Moderna ou Pfizer), permettant de réduire la durée de l’intervalle à 3-4 semaines entre les 2 doses et, compte tenu des données maintenant disponibles, de proposer de faire la 2^e dose avec un vaccin ARNm aux personnes ayant reçu le vaccin d’AZ en 1^ère dose, dès la 4^ème semaine, y compris chez les plus de 55 ans. Des échecs de vaccination après deux doses surviennent cependant, les formes graves n’étant cependant rapportées que chez des sujets âgés (> 80 ans) ou immunodéprimés. Ces variants donnent-ils des formes plus graves ? Les données sont discordantes : la charge virale élevée et les modèles animaux le laissent craindre. Ces derniers montrent que les lésions pulmonaires induites par ces variants sont plus sévères, mais ceci n’est pas directement extrapolable à l’homme. Des données du Royaume-Uni montrent un risque de développer une forme sévère augmenté d’un facteur 2 en cas d’infection par le variant delta comparativement au variant alpha. A contrario, en Angleterre, en Israël et en France il y a une dissociation entre le nombre de cas rapidement croissant et la charge hospitalière (encore) relativement modeste. Ceci s’explique largement par le fait que le virus touche essentiellement des sujets jeunes (> 50 % ont entre 12 et 30 ans) pas ou moins bien vaccinés que les sujets plus âgés. Enfin, ces variants n’impactent pas les résultats des tests de diagnostic. Au contraire, vue l’importance de la charge virale, on peut penser que les tests antigéniques sont encore plus sensibles.